เมื่อสร้างถนนขึ้นดอยสุเทพเสร็จเรียบร้อยแล้ว ครูบาศรีวิชัยก็ถูกคณะสงฆ์เชียงใหม่ตั้งอธิกรณ์โดยกล่าวหาว่ากระดั้งกระเดื่องต่อคณะสงฆ์และ บ้านเมือง และนำผู้คนตัดไม้ทำลายป่า สร้างถนนขึ้นดอยสุเทพ ข้อกล่าวหานั้นทำให้ครูบาศรีวิชัยถูกกักขังอยู่บริเวณจังหวัดเชียงใหม่ ห้ามออกนอกเชียงใหม่เป็นเวลา 3 เดือนและก่อนหน้านั้นประมาณปี พ.ศ. 2463 (ค.ศ. 1920 ) ครูบาศรีวิชัยก็ถูกกล่าวหามาแล้ว 4 ครั้งและถูกกักบริเวณให้อยู่ภายในวัดพระธาตุหริภุญชัย ลำพูนเป็นเวลา 1 ปี ข้อกล่าวหาครั้งนั้นมีดังนี้

                 สำหรับการตั้งอธิกรณ์ครั้งนี้ครูบาศรีวิชัยจำต้องไปแก้ข้อกล่าวหาที่กรุงเทพฯ ถึง 2 ครั้ง ในที่สุดสมเด็จพระสังฆราชทรงวินิจฉัยว่า ครูบาศรีวิชัยไม่มีความผิด เพราะข้อกล่าวหาไม่เหตุผลและฟังไม่ขึ้น

         เมื่อครูบาศรีวิชัยพ้นข้อกล่าวหาแล้ว ท่านจึงได้กลับไปอยู่จังหวัดลำพูน จากนั้นมาไม่เคยเห็นท่านกลับขึ้นมาดูผลงานของท่านที่เชียงใหม่อีกเลยและท่านยังไดกล่าวกับศิษย์ผู้ใกล้ชิดว่า “ตราบใดสายน้ำแม่ปิงไม่หวนไหลกลับขึ้นเหนือ อาตมาจะไม่ขอขึ้นไปเชียงใหม่อีก” และท่านก็ไม่ยอมขึ้นเชียงใหม่ตามที่ท่านได้พูดไว้ จวบจนท่านได้มรณภาพไปในปี พ.ศ. 2481